Van Cezaevi’nden Taner Korkmaz bianet’e yazdığı mektubunun bazı sayfaları eksik gönderildi. Eksiklik, cümlelerin sayfa sonlarında yarım kalmasından dolayı anlaşıldı. Tam da yarım bırakılan cümlede, iktidarın çete lideri Sedat Peker’le ilişkisinin de yazılı olduğu başka bir mektubun yasaklandığı anlatılıyordu. Tamamlanamadan kesilen cümle şöyle: “Ercan Kutlu’dan gelen bir mektup için verilen kısmen engelleme kararında, ‘…haksız yere gözaltına alınmalar veya bir kesimin hayatını, insanları, olayları vb. iktidara mal ederek sık sık hedef aldığı, kişileri devrimciliğe, ülkeye başkaldırmaya özendirme çabasında bulunduğu…” gerekçeleriyle Erdoğan’ın mafyayla ilişki içerisinde bulunduğu ve Sedat Peker’in iktidardan destek aldığı yönünde…” Mektubun bundan sonraki sayfası bianet’e ulaşmadı. Sedat Peker hakkında “Tehditle tahsilat yapmak, zorla alıkoymak, öldürmeye azmettirmek” suçlarından yedi ay arandıktan sonra 19 Ağustos 1998'de Romanya'dan Türkiye'ye getirildi. Hakkında 7,5 yıla kadar hapis istemiyle dava açıldı. 12 sanıkla birlikte çete oluşturmak suçundan yargılandığı davada, 24 Mayıs 1999'da tahliye edildi. "Suç örgütü kurmak, tehdit, iş yeri kurşunlama, yaralama, hürriyeti tahdit, yağma ve sahte kimlik kullanma” iddialarıyla hakkında açılan üç davadan ikisinde hapis cezası verildi. Ergenekon davasında da “silahlı örgüt kurma” suçuyla yargılandı. 5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında Peker'e 10 yıl hapis cezası verildi. 10 Mart 2014 tarihinde özel yetkili mahkemelerin kararlarına ilişkin yasa değişikliği ve 5 yılı aşkın tutukluluk hali göz önünde bulundurularak tahliye edildi. Haziran 2015’te bir düğünde Cumhurbaşkanı Erdoğan ile sohbetinin görüntülenmesinin ardından şu açıklamayı yaptı: “Bu fotoğraftaki an, benim toplumdaki normalleşme konumum için önemli bir kırılma anıydı. Yaşadığım sürece de Sayın Cumhurbaşkanımıza karşı bu davranışından dolayı minnettar kalacağım.” “Bu suça ortak olmayacağız” başlıklı metne imza atan 1128 akademisyen ve araştırmacıyı tehdit etti. Ekim 2015 tarihinde Rize'de AKP'ye destek mitinginde “Adeta dünyanın şah damarları kesilmişçesine oluk oluk kanları akacak” demişti. Benzer ifadeyi akademisyenler için kullandı: “Tekrardan söylüyorum; oluk oluk kanlarınızı akıtacağız ve akan kanlarınızla duş alacağız.” Bu sözlerinden yargılanıp beraat etti. İstanbul Ataşehir’de katıldığı bir lokanta açılışında da 31 Mart yerel seçimleri öncesinde silahlanma çağrısı yaptı. Bir ay kadar önce, yurtdışına yerleştiği haberleri üzerine yaptığı açıklamada iddiayı doğruladı. Halen yurtdışında yaşıyor.